前南斯拉夫国家队主帅佩特科维奇2001赛季挂帅申花，赛季开始后一路高歌猛进，前12轮10胜2平保持不败。但噩梦从第13轮开始，从不敌辽小虎开始，申花9轮1平8负，与开局阶段形成巨大反差。所幸联赛开局阶段确立了巨大优势，这一年申花的排名还不至于太差，这一年申花的排名还不至于太差，同2000年一样获得亚军。年一样获得亚军。
2002：球员换代
从申花成立算起，2002年是申花第一次大规模球员换代，原因很大程度上是德比对手的出现。2002赛季初和赛季末，申思、祁宏、吴承瑛等申花一代名将相继转会上海中远。SVA入主申花的同时，有线02足球俱乐部被并入申花，杜威、王珂、于涛、姚力君等一批球员被并入申花并逐渐成长。而与中远的“德比”则成为了这座城市又一个热点。
2003：再度夺冠
德比进入了第二年，气氛也更加火热。阿尔贝茨、佩特科维奇等世界级球星加盟申花，而老一代申花球员则继续向同城死敌流动。申花与国际的冠军争夺一直持续到了联赛收官阶段，吴金贵率领的申花最终笑到了最后（这一冠军后来被中国足协取消）。而同城的上海国际队争冠失败后，此后一路下滑并最终迁出上海四处流浪，直到成为现在的北京人和。直到成为现在的北京人和。
2004：球队动荡
谁也没想到的是，在申花夺冠的第二年，成绩竟一落千丈至倒数第三。年初，吴金贵上调国足，威尔金森执掌帅印，但仅带队征战亚冠后就离开了申花，这时中超联赛甚至还没开打。贾秀全、涅波在此之后先后行使主教练之职，动荡的境况自然对成绩带来了消极影响。
