尽管上一赛季带队成绩不佳，但俱乐部选择留用涅波。稳定下来的申花重回正轨，谢晖重回申花效力。谢晖重回申花效力。这一年，申花双杀同城对手上海国际，并最终取得亚军。
2006：亚冠八强
与上一年相同，申花在这一年的中超联赛中依旧取得了亚军成绩。但在当年的亚冠联赛中，由于小组赛对手印尼坡西普拉和泰国联赛亚军省电力局均被取消资格，申花在双杀越南隆安FC之后进入亚冠八强。这也是申花迄今为止在亚冠赛场上所获得的最好成绩。所获得的最好成绩。
2007：朱骏入主
2007年初，申花与联城合并，原联城俱乐部老板朱骏收购了申花28.5%的股权，并获得了申花俱乐部的经营权，申花正式进入“朱骏时代”。在朱骏掌管申花的7年间，申花常常能“制造新闻”，而新闻的主角便是朱骏。在当年的港口杯中，朱骏身穿于涛球衣代表申花首发出场，并因而得名“朱涛”。尽管当年申花获得A3联赛冠军，但朱骏过于使用联城班底的做法让申花球迷有所不满，申花球迷喊出了“还我申花”的口号。
2008：错失冠军
申花上一次离联赛冠军最近的时候便是2008年。直到最后一轮，申花都是冠军有力的争夺者，但绿城老板宋卫平不干，要在最后一轮与申花死磕，而申花也差了一些运气。里卡德一脚将点球踢飞，申花球员和球迷眼睁睁地看着源深大屏幕上的比分锁定在了2-2，冠军，随之远去。
