在错失冠军后，2009年申花依旧保持高投入，但球队中的矛盾却愈发凸显。队长杜威再度被下放，毛剑卿先被下放后被租借深圳红钻。而朱骏再一次成为了焦点人物，甚至一度坐上教练席。赛季结束后，杜威、郜林、毛剑卿、孙吉、孙祥五大国脚悉数离队。
2010：青春风暴
冯仁亮、宋博轩、王冠伊、吴曦、熊飞、邱添一、唐晓菲、陈永强。这是2010赛季开始前，申花的引援名单。他们是谁？他们究竟有几分能耐？联赛首轮，申花败给弱旅长沙金德，更令球迷质疑声四起。谁都没想到，名帅布拉泽维奇在之后的一整个赛季里，率领这群上一赛季还在踢中甲甚至中乙的球员刮起了青春风暴，冯仁亮更是完成了“中乙、中超、国足”三连跳。最终这支“平民申花”排名第三，里亚斯科斯收获20粒进球，成为申花队史上单赛季射手王。
2011：陷入低谷
但好景不长，2011赛季开打前，布拉泽维奇上调国奥队，奚志康接过申花教鞭。赛季初，人们预想：8年一个轮回，1995到2003是8年，2003到2011又是8年，而且都是土帅，这一年的冠军，是不是又要落到申花头上了？尽管外界期待颇高，尽管申花人员配置还进行了优化，但糟糕的战绩却如一盆冷水劈头盖脸地浇来，老布的助手拜塞克也回天乏术。赛季末轮的京沪大战，虹口现场观众仅4000余人。
2012：魔兽时代
阿内尔卡和德罗巴来了！在中国足坛看起来不可思议的事，2012年却真真切切在申花发生了，引发世界足坛轰动。然而，蒂加纳上任5轮战绩不佳即遭下课，阿内尔卡随即过了把主帅瘾。德罗巴的到队让成绩有所好转，但始终难以解决的股权问题却再一次成为申花进步的阻力。多年之后回忆起来，2012年仿佛还像是一场梦。
